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En 1736, quelques Anglais fondent, avec des Genevois, une loge appelée « Société des Maçons Libres ou Franc-Maçons du Parfait Contentement ». Ils fondent ensuite « La Parfaite Union des Étrangers » à Lausanne. D'autres Loges se constituent dans le Canton de Vaud et se regroupent en un Directoire Helvétique Romand qui est contraint à une semi-clandestinité par le gouvernement de Berne de 1743 à 1764.
Suite à l'établissement d'un régime militaire, la Grande Loge de Genève connait quatre années de demi-sommeil de 1782 à 1786. En 1786, les travaux reprennent et une deuxième obédience voit le jour : le Grand Orient de Genève. Cependant, la vie maçonnique suisse connait deux périodes d'arrêt en raison des évènements qui suivent la Révolution française, de 1792 à 1802 d'abord, puis, après une reprise importante liée aux loges militaires de l'armée napoléonienne, de 1813 à 1815.

En 1822, les deux obédiences qui régissent les ateliers symboliques sont la Grande Loge nationale, à Berne et le Grand Prieuré d'Helvétie. Elles fusionnent en 1842 pour former la Grande Loge Suisse Alpina, les hauts grades rectifiés restant sous l’égide du Grand Prieuré d'Helvétie. En 1873, les hauts grades écossais forment le Suprême Conseil pour la Suisse. En 1875, le célèbre Convent international de Lausanne réunit onze Suprêmes conseils qui réaffirment que le Grand Architecte de l'Univers, conçu comme « un principe créateur », est un symbole fondamental du Rite écossais ancien et accepté et fixe définitivement l'appellation des trente trois degrés du Rite.

 

En 2016, Alpina compte environ 86 Loges et environ 4000 membres tandis que la Grande Loge de Suisse, devenue depuis Grand Orient de Suisse, fédère 18 loges.